農村飲水安全工程點多、面廣、分散,管理難度大。為規范工程運行管理,提高管理水平,省政府制定印發了《甘肅省農村飲水安全工程運行管理試行辦法》,明確了飲水安全工程管理體制、運行機制、水源水質管理、供水管理、水價核定、水費計收和管理等方面的政策規定,為保障飲水安全工程良性運行奠定了基礎條件。省水利廳在加快農村飲水安全工程建設的同時,從一開始的規劃設計,便配備相關管理站、管理設施,為工程建后管理創造了必要條件。工程建成后,每個工程都成立了專門的管理機構,落實了管理人員。對于規模較大的集中供水工程,還實行信息化管理、自動化控制,確保工程安全運行。
我省還大力推進集中供水工程水費管理,按成本核定水價,計量收費,對于供水成本過高的工程,由當地政府落實水價補貼。目前各縣區基本落實了農村飲水安全工程享受農業排灌電價的優惠政策,61個縣區落實了飲水安全工程占用土地優惠政策,56個縣區落實了飲水安全工程稅費優惠政策。為提高管理水平和服務質量,我省積極推進工程管護維修隊伍建設,確保工程哪里出現險情,哪里就有搶修車輛和人員按時到達。同時還全面推進縣級工程維修養護基金建立,目前有34個縣區建立了養護基金,基金總額達947萬元,確保了工程正常維修和長效運行。